Arrêts de travail plafonnés au 1er septembre 2026 : ce que les employeurs doivent anticiper

Jusqu'à présent, la durée d'un arrêt de travail pour maladie relevait exclusivement de l'appréciation du professionnel de santé prescripteur, sans plafond légal. Un décret publié le 12 juin 2026 met fin à cette liberté totale : à compter du 1er septembre 2026, chaque arrêt initial et chaque prolongation devront respecter une durée maximale. Pour les employeurs et les directions des ressources humaines, cette réforme n'est pas un simple ajustement technique de la sécurité sociale. Elle modifie le rythme de renouvellement des arrêts, renforce le contrôle médical de l'Assurance maladie et invite à revoir certains réflexes de gestion des absences, du maintien de salaire jusqu'au suivi en paie.

Cet article présente le nouveau cadre réglementaire, ses exceptions, et surtout ses conséquences pratiques pour les entreprises.

Un cadre légal qui change en profondeur

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 crée un nouvel article R. 162-1-7-1 du code de la sécurité sociale et vient appliquer l'article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 (loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025). Ce texte fixe, pour la première fois, une durée plafond aux arrêts de travail donnant lieu au versement d'indemnités journalières.

Concrètement, pour toute prescription ou prolongation établie à compter du 1er septembre 2026 :

●     la première prescription d'un arrêt maladie ne pourra pas excéder 31 jours ;

●     chaque prolongation sera plafonnée à 62 jours.

Ces plafonds concernent les arrêts prescrits par un médecin, une sage-femme ou un chirurgien-dentiste. Ils ne s'appliquent pas à Mayotte, et n'ont pas d'effet rétroactif : un salarié déjà en arrêt à la date du 1er septembre 2026 n'est pas concerné tant que son arrêt en cours n'est pas renouvelé.

Des dérogations encadrées, pas une suppression du pouvoir médical

Le décret ne retire pas au médecin la possibilité de prescrire un arrêt plus long lorsque l'état de santé du salarié le justifie. Il encadre cette liberté : le professionnel de santé doit motiver expressément la nécessité de dépasser le plafond et tenir compte, lorsqu'elles existent, des recommandations de la Haute Autorité de santé. La prolongation peut être effectuée par le médecin prescripteur initial, le médecin traitant, la sage-femme ou le chirurgien-dentiste, et peut également intervenir dans le cadre d'un acte de télémédecine, sous réserve du respect des conditions fixées par le code de la santé publique.

En pratique, cela signifie que la réforme ne raccourcit pas mécaniquement les absences longues : elle impose un formalisme supplémentaire et multiplie les renouvellements pour les arrêts qui dépassent les seuils, avec un motif obligatoire désormais requis sur chaque prescription.

Un contrôle médical renforcé pour les arrêts qui se prolongent

Un second décret du même jour, le décret n° 2026-499 du 12 juin 2026, complète le dispositif : dès qu'un renouvellement d'arrêt de travail atteint trois mois de durée cumulée, le prescripteur peut solliciter l'avis du service du contrôle médical de l'Assurance maladie. Ce mécanisme vise à accompagner la mise en œuvre des nouveaux plafonds en donnant à l'Assurance maladie un droit de regard plus précoce sur les absences longues, avant même l'échéance des quatre ans applicable en matière d'indemnisation des accidents du travail et maladies professionnelles à compter de 2027.

Quelles conséquences concrètes pour l'employeur ?

La réforme ne modifie ni le montant, ni le mode de calcul des indemnités journalières de sécurité sociale, ni les règles de maintien de salaire applicables dans l'entreprise. En revanche, elle a plusieurs effets indirects que les directions des ressources humaines ont intérêt à anticiper :

●     Renouvellements plus fréquents :  

un salarié dont l'arrêt se prolonge au-delà d'un mois devra faire renouveler sa prescription plus souvent qu'auparavant, ce qui multiplie les échanges administratifs entre le salarié, le service paie et, le cas échéant, la CPAM.

●     Vigilance sur le maintien de salaire :  

l'indemnité complémentaire versée par l'employeur, fixée par l'article D. 1226-1 du code du travail à 90 % de la rémunération brute pendant les trente premiers jours puis aux deux tiers pendant les trente jours suivants (sous réserve de dispositions conventionnelles plus favorables), reste due dans les mêmes conditions. Son versement suppose toutefois la continuité des justificatifs médicaux : un décalage dans la transmission des prolongations peut retarder le calcul de la paie.

●     Suivi renforcé des IJSS :  

en cas de non-respect des durées ou des conditions de prescription par le professionnel de santé, le versement des indemnités journalières peut être suspendu, ce qui a un impact direct sur la subrogation lorsque l'entreprise pratique le maintien de salaire par subrogation.

●     Articulation avec la contre-visite patronale :  

le régime de la contre-visite employeur, qui conditionne le versement de l'indemnité complémentaire à la constatation de l'incapacité par certificat médical, n'est pas modifié dans son principe. La jurisprudence rappelle que la contre-visite patronale a pour seul objet de vérifier l'ouverture du droit à l'indemnisation complémentaire et ne saurait excéder ce cadre (CA Versailles, 24 juin 2024, n° 22/00295). Le renforcement du contrôle médical de l'Assurance maladie ne dispense donc pas l'employeur de respecter les limites de son propre pouvoir de contrôle.

Nos conseils pratiques pour anticiper la réforme

Pour aborder sereinement l'entrée en vigueur du 1er septembre 2026, T2F-RH recommande aux dirigeants et responsables RH de :

●     mettre à jour les procédures internes de suivi des arrêts de travail pour intégrer la logique de renouvellements plus fréquents ;

●     sensibiliser les managers et le service paie à la nécessité de vérifier systématiquement la continuité des prescriptions, notamment pour les arrêts susceptibles de dépasser 31 jours ;

●     vérifier que les logiciels ou prestataires de paie prennent en compte les nouveaux plafonds dans le calcul du maintien de salaire et de la subrogation ;

●     revoir, le cas échéant, les garanties de prévoyance collective de l'entreprise, notamment pour les salariés dont la rémunération dépasse 1,4 fois le SMIC, plus exposés à l'écart entre indemnisation légale et salaire réel ;

●     former les équipes RH sur le cadre juridique de la contre-visite patronale, afin d'éviter tout excès de pouvoir de contrôle susceptible d'être sanctionné par les juridictions prud'homales.

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Le plafonnement des arrêts de travail introduit par les décrets du 12 juin 2026 marque une évolution structurelle du régime des absences maladie en France. S'il ne bouleverse pas les règles d'indemnisation applicables dans l'entreprise, il impose une gestion plus rigoureuse et plus réactive des dossiers, en particulier pour les arrêts longs. Les entreprises qui anticipent ces changements dès maintenant, via une mise à jour de leurs procédures RH et paie, limiteront les risques de rupture dans le versement des indemnités et sécuriseront leur relation avec les salariés concernés.

T2F-RH vous accompagne

La réforme du plafonnement des arrêts de travail impose aux employeurs d'ajuster leurs pratiques de gestion des absences, du maintien de salaire et du suivi DSN. Le pôle social de T2F Expert-Comptable vous aide à sécuriser vos process et à former vos équipes RH avant le 1er septembre 2026.

📞 05 61 54 39 60   📧 welcome@groupe-t2f.fr

🏠 7 boulevard de la Gare, 31500 Toulouse   ·   🏠 75 Av. du Dr Calmette, 94290 Villeneuve-le-Roi

Le 29/08/2026

Par Sarah CABIZZA

Directrice du Pôle Social Groupe T2F Expert-Comptable

Tél. bureau : 05 61 54 39 60

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À retenir

1. Dès le 1er septembre 2026, un arrêt maladie initial est plafonné à 31 jours et chaque prolongation à 62 jours (décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, art. R. 162-1-7-1 CSS).

2. Le médecin peut dépasser ces plafonds si l'état de santé du salarié le justifie, à condition de motiver expressément la prolongation.

3. Dès trois mois de renouvellement continu, l'Assurance maladie peut solliciter l'avis du contrôle médical (décret n° 2026-499 du 12 juin 2026).

4. Le maintien de salaire et le calcul des IJSS ne changent pas dans leur principe, mais leur suivi administratif devient plus exigeant.

5. La contre-visite patronale reste strictement encadrée par la jurisprudence et ne doit pas être confondue avec le contrôle médical de l'Assurance maladie.

●     Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d'indemnités journalières — https://www.legifrance.gouv.fr/eli/decret/2026/6/12/SFHS2609520D/jo/texte

●     Article L. 162-4-4 du code de la sécurité sociale (version applicable au 1er septembre 2026) https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000053284700/2026-09-01

●     Loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2026, article 81 https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/article_jo/JORFARTI000053226786

●     Décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 relatif à la durée de renouvellement d'un arrêt de travail à compter de laquelle le prescripteur peut saisir l'avis du service du contrôle médical https://www.legifrance.gouv.fr/eli/decret/2026/6/12/2026-499/jo/texte

●     Article D. 1226-1 du code du travail (maintien de salaire par l'employeur) https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000018537770

●     Cour d'appel de Versailles, 24 juin 2024, n° 22/00295 (portée de la contre-visite patronale) décision consultable auprès des bases de jurisprudence judiciaire

●     Service-Public.fr / Direction de l'information légale et administrative (Premier ministre) La durée des arrêts de travail sera plafonnée à partir du 1er septembre https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/actualites/A18962