Facture électronique : Une réforme fiscale qui concerne aussi les professions de santé
- il y a 1 jour
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À partir du 1er septembre 2026, tout professionnel de santé en exercice libéral doit être capable de recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée.
Dès septembre 2027, l'émission sera elle aussi obligatoire pour les actes hors nomenclature.
Voici ce que cela signifie concrètement pour votre cabinet, et comment anticiper sans stress.
Une réforme fiscale qui concerne aussi les professions de santé
La réforme de la facturation électronique est souvent présentée comme une contrainte pour les commerçants ou les artisans. Pourtant, les professionnels de santé en libéral sont directement touchés, y compris les médecins, les kinésithérapeutes, les infirmiers ou encore les chirurgiens-dentistes exerçant en micro-entreprise.
Le calendrier est désormais fixé. Toutes les entreprises assujetties à la TVA en France doivent s'y conformer, et les professions de santé n'échappent pas à cette obligation, au moins pour une partie de leur activité. Comprendre les distinctions entre actes remboursés et actes hors nomenclature est ici fondamental pour savoir ce qui change pour vous, et ce qui ne change pas.
Les dates à retenir :
Ce qui change concrètement dans votre cabinet
Les actes remboursés : Aucun changement
Les actes pris en charge par l'Assurance maladie, couverts par l'article 261-4 du Code général des impôts, sont exonérés de TVA. Ils restent donc en dehors du périmètre de la facturation électronique. Pour cette partie de votre activité, la réforme ne modifie rien à votre organisation actuelle.
Les actes hors nomenclature : Deux régimes distincts selon vos patients
En revanche, si vous facturez des actes non remboursés, des consultations de médecine esthétique, de prévention non prise en charge, ou tout autre prestation hors nomenclature, la réforme s'applique différemment selon la nature de vos patients.
Pour vos clients entreprises, c'est-à-dire toute société ou professionnel assujetti à la TVA, la facturation électronique via une plateforme agréée sera obligatoire. Pour vos patients particuliers, vous ne serez pas tenu d'émettre des factures électroniques, mais vous devrez déclarer vos recettes à l'administration fiscale, via un e-reporting réalisé manuellement ou automatiquement selon votre logiciel de facturation.
La facturation entre professionnels de santé
Un point souvent oublié concerne les contrats de remplacement et les collaborations libérales. Si vous facturez un confrère dans ce cadre, la facturation électronique sera obligatoire, car il s'agit d'une transaction entre assujettis à la TVA. Vous devrez donc disposer d'une plateforme agréée pour ces échanges professionnels.
"Que vous soyez médecin généraliste en libéral classique ou spécialiste sous statut de micro-entrepreneur, vous êtes concerné par cette réforme. La question n'est pas de savoir si vous devez agir, mais quand et comment."
Avant la réforme
Factures papier pour les clients entreprises
Classement et archivage manuels
Risques d'erreurs de saisie
Temps administratif important
Envoi postal ou PDF non structuré
Transmission manuelle à votre expert-comptable
Après la réforme
Envoi automatique via la plateforme agréée
Archivage légal automatique et sécurisé
Moins d'erreurs, suivi en temps réel
Gain de temps pour le secrétariat
Formats structurés conformes (Factur-X, UBL)
Transmission directe à votre expert-comptable
Comment préparer votre cabinet médical en cinq étapes
L'échéance de septembre 2026 approche. Si vous n'avez pas encore entamé votre mise en conformité, voici les actions concrètes à engager maintenant, dans l'ordre de priorité.
Étape 1
Identifier vos actes hors nomenclature
Listez toutes vos prestations non remboursées et estimez la part qui concerne des entreprises ou des confrères en contrat de remplacement.
Étape 2
Vérifier votre logiciel de facturation
Contactez votre éditeur de logiciel pour savoir si une mise à jour "facturation électronique" est disponible ou planifiée avant septembre 2026.
Étape 3
Choisir votre plateforme agréée
Privilégiez une solution "tout-en-un" couvrant réception et émission. Comparez au moins trois offres sur les critères de prix, de simplicité et de qualité du support.
Étape 4
Former votre personnel administratif
Prévoyez environ deux heures de formation par personne. Un mémo simple pour le secrétariat suffit souvent à fluidifier l'adoption du nouvel outil.
Étape 5
Tester avant l'été 2026
Réalisez des essais avec votre expert-comptable bien avant l'échéance. Vérifier que l'ensemble de la chaîne fonctionne correctement évite les mauvaises surprises.
Points de vigilance spécifiques aux professions de santé
Certains cas de figure méritent une attention particulière dans votre activité quotidienne. Votre expert-comptable est le mieux placé pour vous guider selon votre situation précise, mais voici les trois situations à anticiper en priorité.
Points d'attention
Vous recevez des acomptes pour des actes hors nomenclature
Dans ce cas, vous devez émettre une première facture mentionnant les montants hors taxes et la TVA applicable, puis une facture de solde référençant explicitement la facture d'acompte. Cette obligation s'applique dès que votre client est une entreprise assujettie.
Vous facturez des entreprises pour des prestations spécifiques
Les praticiens qui interviennent auprès d'employeurs, de mutuelles ou d'organismes dans le cadre de bilans de santé ou de médecine du travail sont directement concernés. Ils doivent choisir une plateforme agréée avant septembre 2026 et déclarer leurs encaissements via cette même plateforme.
Vous avez des contrats de remplacement ou de collaboration libérale
Ces transactions s'effectuent entre professionnels assujettis. La facturation électronique y est donc obligatoire, et une plateforme agréée est indispensable dès la première échéance de 2026. Ne laissez pas ce point de côté sous prétexte que votre patientèle est majoritairement composée de particuliers.
Le rôle de votre expert-comptable dans cette transition
La réforme de la facturation électronique n'est pas qu'un sujet informatique. C'est une transformation de la chaîne administrative et comptable de votre cabinet. À ce titre, votre expert-comptable est votre premier interlocuteur pour la préparer dans de bonnes conditions.
Les Experts de Groupe T2F Expert-Comptable accompagnent les professions de santé libérales depuis de nombreuses années depuis Toulouse et Paris. Nous intervenons à chaque étape : identification de vos obligations précises selon votre activité, sélection de la plateforme agréée adaptée à votre volume et à votre logiciel, formation de votre secrétariat, et vérification de la conformité de l'ensemble avant les échéances légales.
Votre cabinet est-il prêt pour septembre 2026 ?
Nos équipes basées à Toulouse et à Villeneuve-le-Roi vous accompagnent pour choisir la bonne solution, former votre personnel et sécuriser votre conformité dans les délais.
Toulouse : 05 61 54 39 60 - Paris : 01 45 97 43 67
Questions fréquentes des médecins libéraux sur la facture électronique
Je suis médecin généraliste avec uniquement des actes remboursés. Suis-je concerné par la réforme ?
Vos actes remboursés par l'Assurance maladie restent hors du périmètre de la facturation électronique, conformément à l'article 261-4 du CGI. En revanche, vous devez quand même être capable de recevoir les factures de vos fournisseurs sur une plateforme agréée dès le 1er septembre 2026. Aucun cabinet n'est totalement exempté de cette première obligation de réception.
Je suis médecin en micro-entreprise. La réforme s'applique-t-elle à moi ?
Oui. Le statut de micro-entrepreneur ne vous exempte pas. Si vous facturez des actes hors nomenclature à des entreprises ou à des confrères dans le cadre d'un contrat de remplacement, vous devrez utiliser une plateforme agréée pour émettre et recevoir des factures électroniques.
Quelle est la différence entre une plateforme agréée (PA) et l'ancien Portail Public de Facturation (PPF) ?
Le Portail Public de Facturation, initialement prévu comme option gratuite, a été recentré sur son rôle de concentrateur. Les entreprises doivent désormais transiter par une plateforme agréée privée (anciennement appelée PDP) pour émettre et recevoir leurs factures. Ces plateformes sont certifiées par l'État et interconnectées entre elles.
Mon logiciel de gestion de cabinet est-il compatible avec la facturation électronique ?
La plupart des grands éditeurs de logiciels destinés aux professions de santé travaillent à des mises à jour de conformité. Contactez votre éditeur dès maintenant pour obtenir un calendrier de déploiement. Si votre logiciel actuel ne prévoit pas de mise à jour, c'est le moment d'envisager une solution plus adaptée, en concertation avec votre expert-comptable.
Combien coûte une plateforme agréée pour un cabinet médical libéral ?
Les tarifs varient selon les éditeurs, le volume de factures et les fonctionnalités incluses. Pour un cabinet de petite taille avec un faible volume de factures B2B, les offres d'entrée de gamme restent accessibles, souvent sous la forme d'un abonnement mensuel ou d'une facturation à la transaction. Votre expert-comptable peut vous aider à comparer les offres en tenant compte de vos besoins réels.
Mon secrétaire médical doit-il être formé ? Combien de temps cela prend-il ?
Oui, et cette formation est souvent plus simple qu'anticipée. Comptez environ deux heures par personne pour une prise en main de la plateforme agréée. L'essentiel est de créer un processus clair : qui émet la facture, comment elle est envoyée, et où elle est archivée. Un mémo d'une page suffit généralement pour le quotidien du secrétariat.
Sources ;
Fiche pratique CNOEC "Préparez votre cabinet médical" (2025)
Article 261-4 du Code général des impôts
Direction générale des Finances publiques (DGFiP) : calendrier de la réforme e-invoicing
